- 木祖村は、長野県の西南端木曽郡の北東部で、木曽川の最上流部に位置し、2,000m級の山岳に囲まれた総面積140.46平方kmの山村です。
- 北は東筑摩郡朝日村、北西は松本市奈川、東は塩尻市楢川、南は木曽町日義、西は木曽町開田高原および木曽町福島に接しています。
- 地質は秩父古生層と花崗岩に属し、村の東側に位置する鳥居峠は太平洋にそそぐ木曽川と日本海にそそぐ奈良井川の分水嶺になっています。
- 木祖村の村花は「リンドウ」、村木は「トチノキ」です。
- 「リンドウ」は校章 のデザインにもなっており、『厳しい自然にも毅然として立つ姿は木祖中生徒・ 職員の求める姿である』と述べられています。